（一）机关党委办公室（办公室、政策法规与人事科、行政审批科）。负责机关的党群工作。负责党风廉政建设工作。负责机关日常运转工作和行政后勤工作，承担信访、安全、保密、新闻宣传、电子政务、政务信息等工作，负责水利相关应急管理工作，负责人大建议、政协提案办理工作。负责机关机构编制、人事管理、队伍建设及教育培训等工作。负责机关离退休干部工作。指导水利行业人才队伍建设。承担水利体制改革的有关工作。负责水利行业扶贫工作。承担简政放权相关工作。拟订全市水利法制建设规划，组织起草水行政管理有关市政府规章草案，研究拟订水利工作的政策并监督实施。指导实施水政监察和水行政执法工作，承担重大水事违法案件的查处，协调地区间的水事纠纷。承担行政复议、行政应诉、行政赔偿工作，负责规范性文件合法性审查工作，督促检查本行业的行政执法工作。负责政务公开、综合治理、市民投诉、民心网、市长电话（12345）办理工作。负责本部门行政审批事项的受理和审批工作。负责相关行政许可决定和行政许可证照发放、撤销、暂扣等工作，负责行政审批的政策咨询、业务指导和信息发布。负责承担行政审批制度改革工作，组织推进“放管服”改革工作。
（二）规划财务科。承担水利系统向上争取政策、项目和资金工作。负责招商引资工作。拟订水利发展规划，组织编制重要水利综合规划、专业规划和专项规划，审核重要水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计，指导水工程建设项目合规性审查工作。负责提出全市水利基本建设中央、省、市投资计划建议，统筹协调项目实施的监督管理和绩效评价。拟订水利资金管理制度，监督管理水利资金和国有资产，提出有关水利价格、收费、信贷的建议。负责水利统计工作。负责机关财务管理和内部审计工作。承办外事工作。组织重大水利科技研究、技术引进和科技推广。
（三）水资源管理与节约用水科（农村水利水电科、水库移民科）。承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施取水许可事中事后监管，组织实施水资源论证等制度，指导开展水资源有偿使用工作。拟订全市县（市、区）际水量分配方案并监督实施，指导河湖生态流量水量管理。组织编制全市水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作。组织开展水资源调查、评价有关工作，组织编制并发布全市水资源公报。参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作。拟订节约用水政策，组织编制并协调实施全市节约用水规划，组织指导计划用水、节约用水工作。组织实施用水总量控制、用水效率控制、计划用水和定额管理制度。指导和推动节水型社会建设工作。指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。承担跨区域跨流域水资源供需形势分析，指导水资源调度工作并监督实施，指导监督跨区域跨流域调水工程并组织实施。组织实施地下水监测。组织开展全市各类灌排工程建设与改造，指导农村饮水安全工程建设管理工作，指导节水灌溉有关工作。组织拟订全市农村水能资源开发规划，指导水电农村电气化、农村水电增效扩容改造以及小水电代燃料等农村水能资源开发工作。指导全市农村水利社会化服务体系建设。承担协调牧区水利工作。按规定组织实施全市“大禹杯”竞赛活动。承担全市水利工程移民管理和后期扶持工作，组织实施水利工程移民安置验收、监督评估等制度，组织开展新增水库移民后期扶持人口核定。
（四）建设与运行管理科（工程质量与安全监督科、水土保持科）。指导全市水利工程建设管理，制定有关制度并组织实施。组织指导水利工程蓄水安全鉴定和验收，指导河流干堤、重要病险水库、重要水闸的除险加固。指导全市水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。指导水利设施的管理、保护和综合利用，组织编制水库运行调度规程，指导水库、水电站大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与划界。贯彻落实水利行业的技术标准、规程规范。指导全市城乡供水行业建设与管理工作。督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况。组织实施水利工程质量和安全监督。承担水利行业安全生产监督管理工作，组织开展水利行业安全生产监督和专项检查，组织开展水利工程建设安全生产和水库、水电站大坝等水利工程安全的监督检查。组织或参与水利安全事故的调查处理，组织开展对重点水利工程建设项目的稽察和整改落实情况的监督检查。承担全市水土流失综合防治工作，组织编制全市水土保持规划并监督实施，组织水土流失监测、预报并公告，负责建设项目水土保持方案审核的有关工作并监督实施和验收。
（五）河长制工作科（河湖管理科）。指导全市水域及其岸线的管理和保护，指导全市重要河湖、河口的开发、治理和保护，指导河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作。监督管理河道采砂工作，指导河道采砂规划和计划的编制，负责河道管理范围内工程建设方案审查制度的有关工作。承担全市河长制的组织实施工作，指导推行河长制工作的组织协调、调度督导、检查考核。负责落实综合防灾减灾规划相关要求，落实全市洪水干旱灾害防治规划和防护标准并指导实施。组织编制全市重要河湖和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度及应急水量调度方案，按程序报批并组织实施。组织指导有关洪水影响评价和防洪论证工作。